Le commissaire du gouvernement auprès de l’Autorité est nommé sur proposition du ministre chargé de l’économie.

Son rôle consiste à représenter officiellement le gouvernement de la Polynésie française en faisant valoir ses intérêts notamment au cours des procédures. Il n’a pas la qualité de partie dans les procédures de l’Autorité et ne la représente pas.

Bien que les séances de l’Autorité ne sont pas publiques, le commissaire du gouvernement peut y assister et présenter des observations. Toutefois, à l’instar des rapporteurs, il n’assiste pas au délibéré qui demeure secret.